Вот несколько, которые я использую:
ctrl-shift-r: открыть любой файл в рабочей области
Ctrl-F8: вкладка между перспективами
Ctrl-клик по переменной, классу или методу: конечно, перейти к соответствующему определению
Описание переменной, чтобы intellisense знал, что это такое:
$variable = someFunction(); /* @var $variable Zend_Form_Element */