Online Mbed Compiler использует ARMC6 toolchain для компиляции кода.Пока вы используете GCC_ARM для локальной компиляции.Различные наборы инструментов компилируют код по-разному, поэтому разница в двоичном размере.
Если для компиляции вы используете локальный набор инструментов ARMC6, двоичный размер будет очень близок к размеру, сгенерированному онлайн-компилятором.