Если у вас есть текстовый файл, и вы хотите подсчитать число раз, когда появляется последовательность букв N, вы можете сделать:
awk '{a+=gsub(/N+/,"")}END{print a}' file
Это, однако, будет различать последовательности, которые разбитынесколько строк.Пример:
abcNNN
NNefg
Если вы хотите, чтобы это считалось как одна последовательность, вы должны сделать:
awk 'BEGIN{RS=OFS=""}{$1=$1}{a+=gsub(/N+/,"")}END{print a}' file