1) Невидимо.
2) С помощью любого установщика вы можете установить необходимые условия.
4) Пользователю IMO необходимы права администратора для установки фреймворка.
Также вы можете встроить клиентский профиль .Net 3.5 в вашу установку.
Также вы можете распространять необходимые .Net 3.5 .dll файлы с вашим приложением.
Edit:
Также вы можете встроить загрузчик .Net 3.5 Client Profile в вашу установку. Это всего лишь 2,8 МБ. См. Здесь.