Если вы, например, посмотрите на среднеквадратическую ошибку в пакете sklearn, прочитайте документацию:
sklearn.metrics.mean_squared_error (y_true, y_pred, sample_weight = None, multioutput ='iform_average ')
Входными данными являются не переменная обучения и тестирования, а реальная переменная меток теста и прогнозируемые метки теста.Они естественно имеют одинаковую форму.