Невозможно поручить Cargo сделать что-то вроде «взять версию 1.2.3 crate foo-bar из crates.io и применить эти произвольные изменения к исходному коду перед его компиляцией».
Документация по грузам не обманывает вас: вам нужно будет раскошелиться на проект, который вы хотите изменить, внести изменения так, как вам нужно, а затем заменить зависимость на разветвленную версию.