В соответствии с документацией 3.1.0
об изменениях в API замена не предусмотрена, и рекомендация заключается в том, чтобы поставщик указанных функций, если они вам нужны, т.е. делает то, что сказал @ImportanceOFBeingErnest.
Multiple internal functions that were exposed as part of the public API of mpl_toolkits.mplot3d are deprecated,
mpl_toolkits.mplot3d.art3d
mpl_toolkits.mplot3d.art3d.norm_angle()
mpl_toolkits.mplot3d.art3d.norm_text_angle()
mpl_toolkits.mplot3d.art3d.path_to_3d_segment()
mpl_toolkits.mplot3d.art3d.paths_to_3d_segments()
mpl_toolkits.mplot3d.art3d.path_to_3d_segment_with_codes()
mpl_toolkits.mplot3d.art3d.paths_to_3d_segments_with_codes()
mpl_toolkits.mplot3d.art3d.get_patch_verts()
mpl_toolkits.mplot3d.art3d.get_colors()
mpl_toolkits.mplot3d.art3d.zalpha()
mpl_toolkits.mplot3d.proj3d
mpl_toolkits.mplot3d.proj3d.line2d()
mpl_toolkits.mplot3d.proj3d.line2d_dist()
mpl_toolkits.mplot3d.proj3d.line2d_seg_dist()
mpl_toolkits.mplot3d.proj3d.mod()
mpl_toolkits.mplot3d.proj3d.proj_transform_vec()
mpl_toolkits.mplot3d.proj3d.proj_transform_vec_clip()
mpl_toolkits.mplot3d.proj3d.vec_pad_ones()
mpl_toolkits.mplot3d.proj3d.proj_trans_clip_points()
If your project relies on these functions, consider vendoring them.