Есть несколько способов сделать это
set.seed(1234)
i <- sample(5)
i
#[1] 4 5 2 3 1
1) Использовать метод переработки
sum(i[c(FALSE, TRUE)])
#[1] 8
2) Создать последовательность чередующихся индексов для подмножества
sum(i[seq(2, length(i), 2)])
3) Использовать деление по модулю
sum(i[seq_along(i) %% 2 == 0])