Вы правы, это основные отличия.Если вам нужно сделать резервную копию вашего Customizer, тогда потребуется резервная копия базы данных.Что касается файла style.css, вы бы просто сделали резервную копию файла.
При добавлении стилей с помощью Customizer это часто отражается в <head> страницы, а не в таблице стилей.Это вообще плохая практика.Однако это будет зависеть от вашей темы.
Сказав все это, я все еще добавляю свой CSS в Customizer, поскольку моя тема это позволяет, и это происходит быстрее, так как другие параметры темы находятся на той же панели.