Вы можете использовать pop()
, если хотите удалить по индексу (например, четвертый элемент):
In [1]: a1 = [[1, 2], [2, 3], [2, 4],[3, 4] ,[3, 6], [4, 5]]
In [2]: a1.pop(4)
Out[2]: [3, 6]
In [3]: a1
Out[3]: [[1, 2], [2, 3], [2, 4], [3, 4], [4, 5]]
Или вы можете удалить, указав элемент:
In [4]: a1 = [[1, 2], [2, 3], [2, 4],[3, 4] ,[3, 6], [4, 5]]
In [5]: a1.remove([3, 6])
In [6]: a1
Out[6]: [[1, 2], [2, 3], [2, 4], [3, 4], [4, 5]]