Здесь проще всего было бы сначала использовать re.sub
для удаления всех нецифровых символов из ввода.Затем используйте сравнение на равенство, чтобы проверить входные данные:
inp = "123456-78-9"
if re.sub(r'\D', '', inp) == '123456789':
print("MATCH")
Редактировать: Если я неправильно понял вашу проблему, и вместо этого входные данные могут быть чем угодно, и вы просто хотите соответствовать двум заданным форматам, тогда используйтечередование:
\b(?:\d{6}-\d{2}-\d|\d{9})\b
Сценарий:
inp = "123456-78-9"
if re.search(r'\b(?:\d{6}-\d{2}-\d|\d{9})\b', inp):
print("MATCH")