сравнить значение из двух файлов и распечатать значения совпадений - PullRequest
0 голосов
/ 24 сентября 2019

У меня есть два файла, текстовый файл и файл vcf.Я хочу посмотреть значения текстового файла в файле vcf.если есть совпадение, я хочу вывести значение совпадения, но я получаю ошибку: ix = allel.SortedIndex (allel ['POS']). locate_intersection (callset ["варианты / POS"]) TypeError: объект 'module'не подписывается

содержимое файлов выглядит следующим образом

#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO
 1 10366 rs58108140 G A 100 PASS AN=2184;AC=314
 1 10611 rs189107123 C G 100 PASS AC=41;AN=2184
 1 13302 rs180734498 C T 100 PASS AN=2184;AC=249
 1 13327 rs144762171 G C 100 PASS AC=59;AN=2184
def readVcf():
    allel.vcf_to_zarr("merged_Small.vcf", "example.zarr", fields="*", overwrite=True)
    callset = zarr.open_group('example.zarr', mode="r")
    file2=allel.vcf_to_recarray("FamilyVarient.txt")

    ix = file2.SortedIndex(file2['POS']).locate_intersection(callset["variants/POS"])
    print(ix)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...