Как центрировать другое изображение в нулевой матрице в python?

Question

Я новичок в обработке изображений в Python, и я пытаюсь сделать маски для сегментации изображения ячейки на основе изображения.Я сделал порог, чтобы превратить изображение в бинарную маску, но мне нужно центрировать изображения произвольного размера в маске 36x36, и у меня есть изображения выше и меньше этого размера.Изображения похожи на это.Я пытаюсь сосредоточиться на нулевой матрице размером 36x36, но я не привык манипулировать изображениями.

оригинал такой:

Answer 1

Вот один из способов использования двумерной индексации для вставки одного изображения в другое.

Load the cell image as grayscale

Create a black image into which to recenter the cell data

Threshold the cell image using Otsu thresholding    

Get the contour(s) for the thresholded cell image

From each contour (presumably only one) get its bounding box and cut out the corresponding area of the gray image as roi

Compute the top left corner x and y offsets for centering the roi into the black image

Use numpy 2D array indexing to put the roi into the black image properly centered

Ввод:

import cv2
import numpy as np


# load image as grayscale
cell = cv2.imread('cell.png', cv2.IMREAD_GRAYSCALE)

# create 400x400 black image (larger than img) into which to  do the recentering
result = np.zeros((400,400), dtype=np.uint8)

# threshold input image with Otsu thresholding
ret, thresh = cv2.threshold(cell, 0, 255, cv2.THRESH_BINARY+cv2.THRESH_OTSU) 
cv2.imshow('THRESH', thresh)

# get contours --- presumably just one
contours = cv2.findContours(thresh, cv2.RETR_EXTERNAL, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
contours = contours[0] if len(contours) == 2 else contours[1]
for cntr in contours:
    x,y,w,h = cv2.boundingRect(cntr)
    print(x,y,w,h)
    roi=cell[y:y+h, x:x+w]
    # compute top left corner location to center roi in result image
    xoff = int((400 - w)/2)
    yoff = int((400 - h)/2)
    result[yoff:yoff+h, xoff:xoff+w] = roi
    # display result for each bounding box from contours
    cv2.imshow('CENTERED', result)

cv2.waitKey(0)
cv2.destroyAllWindows()

# save resulting centered image
cv2.imwrite('cell_centered.png', result)

Answer 2

Здравствуйте, попробуйте этот код, и я сделаю изображение, чтобы вы поняли:)

image = [[0, 0, 0, 0, 0],
         [0, 1, 0, 0, 0],
         [1, 1, 1, 0, 0], 
         [0, 1, 0, 0, 0],
         [0, 0, 0, 0, 0]]

image_width = 5
image_height = 5

lowest_x = -1
lowest_y = -1
bigest_x = -1
bigest_y = -1

# Get the square of the shape of your image (edge coordinate)
for y in range(len(image)):
    for x in range(len(image[y])):
        if image[y][x] != 0:
            if x < lowest_x or lowest_x == -1:
                lowest_x = x
            if y < lowest_y or lowest_y == -1:
                lowest_y = y
            if x > bigest_x or bigest_x == -1:
                bigest_x = x
            if y > bigest_y or bigest_y == -1:
                bigest_y = y

print ("Edge coordinate = " + str(lowest_y) + ":" + str(lowest_x) + "  -  " + str(bigest_y) + ":" + str(bigest_x))

chunk_width = bigest_x - lowest_x + 1
chunk_height = bigest_y - lowest_y + 1

print ("Chunk size = " + str(chunk_height) + " " + str(chunk_width))

y_delimiter = (image_height - chunk_height) / 2
x_delimiter = (image_width - chunk_width) / 2

print ("Start of new coord = " + str(y_delimiter) + " " + str(x_delimiter))

new_image = [[0 for i in range(image_height)] for j in range(image_width)]
for y in range(chunk_height):
    for x in range(chunk_width):
        new_image[y_delimiter + y][x + x_delimiter] = image[lowest_y + y][lowest_x + x]

print("")

for y in range(len(new_image)):
    print ' '.join(str(x) for x in new_image[y])