Для первых 2 страниц номер страницы находится в нужном месте, затем для страниц 3 и 4 он падает на место, которое не будет отображаться при преобразовании в pdf.
% Footers \lfoot{} % Define left footer \rfoot{Page \thepage \hspace{1pt} of \pageref{LastPage}} \cfoot{}% Define center footer
Ваш \footheight или \headheight слишком мал.fancyhdr сообщит вам об этом в файле .log, а также предоставит минимальное значение, которое вам нужно.Затем вы можете увеличить его до подходящего значения, например, с
\footheight
\headheight
fancyhdr
\setlength{\headheight}{10pt}