SHFB это хорошо, я недавно его использовал. Оказывается, есть несколько способов указать источники документации. Одним из способов является выбор решения, как вы, кажется, сделали. Вы также можете выбрать файлы проекта только для проектов, которые вы заинтересованы в документировании. Вы даже можете выбрать получившиеся сборки в качестве источников.
Попробуйте сменить источник документа с решения на те проекты, которые вам интересны. Он не совсем отвечает на ваш вопрос, но это обходной путь, поскольку вам, скорее всего, не нужно документировать свои тестовые проекты.