Нет правила, согласно которому вам нужно использовать одно против другого.Выберите наиболее подходящую архитектуру вашего приложения.Spring Data MongoDB - это абстракция поверх Mongo Java Driver, поэтому вы можете думать о драйвере как о низкоуровневом, прямом доступе к вашей базе данных.Если вы уже используете Spring в своем приложении, то, вероятно, имеет смысл использовать Spring Data MongoDB.