Analyze создает системные таблицы (с именем sqlite_stat? (Где? Это число)), которые используются, если они существуют, планировщиком запросов при запуске запроса, чтобы попытаться оптимизировать запросы.
Анализ имеетмало влияет на то, что делает VACUUM, что похоже на дефрагментацию диска, в том смысле, что он перезагружает базу данных, освобождая неиспользуемое пространство (страницы).
В вашем случае, я не думаю, что имеет значение, какой запускво-первых, как VACUUM вряд ли уменьшит размер sqlite_stat? столы. Тем не менее, в теории VACUUM должен быть запущен последним. Если вы предоставляете базу данных только для чтения, вы должны запустить обе базы данных, прежде чем поместить базу данных в ее окончательное место.