В этом случае, я полагаю, вам придется установить в вашем рабочем каталоге абсолютный путь к вашему файлу .py.
Обратите внимание, что для кода ниже ваш файл .csv должен находиться в том же каталоге, что и ваш файл .py.
import os.path
import pandas as pd
base_dir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)) # set directory to location of .py file
os.chdir(base_dir) # change directory
csv_file = pd.read_csv('file.csv',sep=',') # read .csv