По вашему описанию, похоже, некоторые неизмененные файлы также перечислены в ожидающих изменениях. В качестве обходного пути вы можете отменить надоедливые изменения, оставив только «Реальные» изменения, подробные шаги, пожалуйста, следуйте ниже:
Выберите все ожидающие файлы в контекстном меню, нажмите «Отменить ...», прежде чем получить подтверждениедиалоговое окно, вам предоставляется окно, чтобы выбрать, какие файлы отменить. Это окно имеет сортируемые столбцы. Вы можете сортировать по столбцу Change и выбирать только файлы со статусом merge (это неизмененные файлы; merge, edit - отредактированные файлы и merge, branch - новые файлы). Просто нажмите Отменить изменения только с выбранными, а затем наслаждайтесь красотой незагроможденного набора изменений слияния.
Для получения более подробной информации вы также можете посмотретьна сломанный-е ответ на этот вопрос: Файлы, перечисленные как ожидающие изменения при выполнении слияний, которые не изменились?