Предполагая, что вы используете tf keras для слияния, вы можете использовать этот метод:
model = keras.models.Model(inputs=[Conv2D, LSTM], outputs=out)
И для сохранения вашей модели вы можете просто использовать .save, как описано здесь
model.save('your_model.h5')
Не совсем уверен, что это то, что вам нужно, но надеюсь, что это поможет.