Да, конечно, нет проблем - вам просто нужно открыть два сервисных хоста:
protected override void OnStart(string[] args)
{
ServiceHost host1 = new ServiceHost(typeof(Service1));
ServiceHost host2 = new ServiceHost(typeof(Service2));
host1.Open();
host2.Open();
}
и, конечно, вам нужно иметь соответствующие записи конфигурации для этих двух отдельных служб в файле app.config службы Windows.
Марк