По умолчанию большинство инструментов работают со стандартной версией Git для командной строки C (то есть двоичным файлом git), а не JGit (двоичным файлом jgit). Похоже, у вас есть плагин или другая функциональность в JGit, которая позволяет вам использовать схему amazon-s3, но у вас нет универсального вспомогательного протокола для Git, который позволяет вам делать то же самое.
У вас есть два варианта: либо символическая ссылка jgit на git где-нибудь в вашей переменной PATH, либо найдите и установите подходящий помощник протокола для Git. Предполагая, что у вас есть каталог с именем bin в вашем домашнем каталоге в вашем PATH, запустите ln -s $(which jgit) ~/bin/git. Затем, когда вы (или Ansible) вызовете программу git, вы действительно будете использовать jgit, что заставит все работать.
Сказав это, документация, на которую вы ссылаетесь, утверждает, что JGitне поддерживает подкоманду pull;если это так, и если ansible-pull использует эту подкоманду, то то, что вы хотите сделать, невозможно с помощью приведенных выше команд, и вам потребуется найти и установить эквивалентный помощник протокола для S3 для обычного Git.