Каждый раз, когда вы переходите от своего MainViewController (у которого есть navigationController) к новому ViewController, новый ViewController добавляется в стек NavigationController MainViewController.
Если вы переходите к новому NavigationController из вашего MainViewController, который вы создаетеновый стек навигации и, следовательно, iOS отображает его как модальный.
Чтобы ответить на ваш вопрос, вам понадобится только один контроллер навигации на вашем MainViewController, и все последующие сегменты будут помещены в стек этого контроллера навигации. Чтобы вернуться назад через стек навигации к MainViewController, взгляните на navController.popViewController (animated: true).