Как сказал Алекс, самый простой способ скомпилировать командный файл - сохранить его в некоторой локальной области хранения в исполняемом файле, а во время выполнения - извлечь, выполнить и удалить его. Использование файла ресурса - хорошая идея, потому что тогда вы можете просто скомпилировать заглушку и просто скопировать ее и заменить содержимое ресурса всякий раз, когда вам нужен новый exe-файл. Хотя решение от Anon определенно правдоподобно, похоже, что это будет слишком много работы, чем на самом деле нужно в этой ситуации.
Во всяком случае, мне несколько месяцев назад стало скучно, и я написал что-то об этом, что можно найти здесь . В этом нет ничего особенного, но он должен показать вам, что вам нужно делать.