У меня просто была похожая проблема, и я хотел предложить решение, которое сработало для меня. Это не было разрешением. Чтобы решить эту проблему, я всегда устанавливаю eclipse как мой пользователь в своем локальном каталоге (например, /home/[user]/local/eclipse-3.7.2), и тогда у вас никогда не возникает проблем с разрешениями.
Настройка: выберите Справка -> Установить новое программное обеспечение -> Доступные сайты программного обеспечения (для добавления нового сайта)
Симптом: попробуйте добавить новый сайт. После нажатия Enter или нажатия кнопки «Готово», сайт появляется в списке доступных сайтов. Нажмите Okay, чтобы вернуться к установке нового программного обеспечения, и сайт не доступен в раскрывающемся списке. Вернитесь на Доступные сайты, и сайт исчез.
Исправлено: после добавления сайта нажмите кнопку перезагрузки, когда новый сайт выделен (перед нажатием Ok, чтобы вернуться к «Экрану установки нового программного обеспечения»
Это происходило на Indigo SR2 (и происходило некоторое время). Я запускаю это на Linux Gtk - но я не понимаю, почему это может быть связано.
Надеюсь, это поможет!