У Markdown обычно нет возможности «включать» файлы или фрагменты файлов, хотя может существовать вариант Markdown, который может поддерживать эту возможность. Таким образом, выдержки обычно выполняются с помощью копирования + вставки.
Вы также должны будете указать имя файла самостоятельно. Markdown / Pandoc не знает имен файлов для фрагментов кода.
Отдельно у Markdown обычно нет возможности применять пользовательские стили. Для этого вам потребуется встроить HTML, а встроенный HTML может оказаться проблематичным для форматов вывода, отличных от HTML.
Рассматривали ли вы использование разметки Asciidoctor вместо Markdown? Это формат разметки, который похож, но более эффективен, чем Markdown. Файл разрешений Asciidoctor включает в себя файлы, выдержки из файлов и роли, определенные автором (что приводит к классам CSS). Вы можете создать собственное расширение include, которое будет включать имя выходного файла в вывод (или копировать + вставить).