вы можете использовать функцию широковещательной трансляции для сравнения каждой пары чисел в b со всеми парами на b, как показано ниже
## np.newaxis add a new dimension at that position. missing dimension (i.e
## dimension with size 1) will repeat to match size of corresponding dimension
a = np.asarray([[[0, 0], [1, 0], [2, 0]],
[[0, 1], [1, 1], [2, 1]],
[[0, 2], [1, 2], [2, 2]]])[:,:,np.newaxis,:]
b = np.array([[1, 0], [2, 0]])[np.newaxis,:,:]
(a == b).all(axis=3).any(axis=2)
Результат
array([[False, True, True],
[False, False, False],
[False, False, False]])