Проблема в том, что вы сопоставляете всю строку с этим регулярным выражением и, таким образом, обрезаете всю строку до ее первых 3 символов. Вы не говорите, какое приложение вы делаете поиск / заменить. Пожалуйста, отредактируйте свой вопрос, чтобы уточнить это. Но похоже, что вместо этого вам нужно что-то вроде:
([^\d\W]{3})[^\d\W]*
И вы хотите использовать опцию «заменить все».