Ошибки с функцией dredge () в MuMin - PullRequest
Новая
       25

Ошибки с функцией dredge () в MuMin

0 голосов
/ 01 октября 2019

Я пытаюсь использовать функцию dredge () для оценки моделей путем заполнения каждой комбинации переменных (до пяти переменных на модель) и сравнения моделей с использованием AIC с поправкой на небольшой размер выборки (AICc).

Однако у меня одна ошибка и два предупреждающих сообщения:

Фиксированный термин «(Перехват)» Предупреждающие сообщения: 1: В драге (MaxN.model, m.min = 2, m.max = 5): сравнение моделей, подогнанных по REML 2: в драге (MaxN.model, m.min = 2, m.max = 5): аргументы m.min и m.max устарели, вместо этого используйте «m.lim»

Я пытался изменить на «m.lim», как указано, но возникает ошибка:

Ошибка в драге (MaxN.model, m.lim = 5): недопустимое значение 'm.lim' Дополнительно: предупреждающее сообщение: В драге (MaxN.model, m.lim = 5): сравнение моделей, установленных REML

Код, который я использую: 

MaxN.model<-lme(T_MaxN~Seagrass.cover+composition.pca1+composition.pca2+Sg.Richness+traits.pca1+
              land.use.pc1+land.use.pc2+seascape.pc2+D.landing.site+T_Depth, 
                random=~1|site, data = sgdf, na.action = na.fail, method = "REML")
Dd_MaxN<-dredge(MaxN.model, m.min = 2 , m.max = 5)

Что я делаю не так?

1 Ответ

0 голосов
/ 01 октября 2019
  1. Вы не сказали нам, что пытались указать для m.lim. ?dredge говорит:

m.lim ... опционально, ограничения 'c (нижний, верхний)' для количества терминов в одной модели

, поэтому вы должны указать двухэлементный числовой (целочисленный) вектор.

Вам определенно следует использовать method="ML" вместо method="REML". Предупреждение / ошибка о REML очень серьезна;сравнение моделей с различными фиксированными эффектами, которые устанавливаются через REML, приведет к бессмыслице.

Поэтому вы должны попробовать: 

MaxN.model <- lme(..., method = "ML")  ## where ... is the rest of your fit
Dd_MaxN <- dredge(MaxN.model, m.lim=c(2,5))
...