В WebAudio нет метода encodeAudioData. Возможно, вы можете использовать MediaRecorder или подождать, пока веб-кодеки будут стандартизированы и доступны в браузерах.
В противном случае вам придется написать собственный кодер. Кодировщик файлов WAV очень и очень прост.
Или, если вы просто хотите воспроизвести декодированное аудио с помощью WebAudio, Комментарий Патрика Роберта имеет правильную идею.