Это классическая проблема с куриным яйцом. Шифрование не поможет вам, если вы не можете защитить ключи. И вы, очевидно, не можете.
Я хотел бы попытаться заставить другие службы / пользователей использовать хеши по отношению к вашему коду аутентификации и вместо этого сохранить их. Таким образом, в худшем случае вы потеряете хэши, но может оказаться трудным (в зависимости от остальной части установки) фактически использовать их злонамеренно. Возможно, вы также захотите правильно засолить хэши.
Другой возможностью было бы использование внешнего хранилища аутентификации, если вы не можете принудительно использовать хэши. Это на самом деле не решает проблему, но вы можете контролировать векторы атак и сделать их более безопасными, разрешая только очень специфический контакт с реальным источником важных данных.