Проблемы с rpy2 3.2.0 в python 3.7 с импортом роботов

Question

python 3.7.3, rpy2 3.2.0, следующий код:

from rpy2 import robjects

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/robjects/__init__.py", line 14, in <module>
    import rpy2.rinterface as rinterface
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface.py", line 6, in <module>
    from rpy2.rinterface_lib import openrlib
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface_lib/openrlib.py", line 65, in <module>
    _get_dataptr_fallback)
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface_lib/openrlib.py", line 50, in _get_symbol_or_fallback
    res = getattr(rlib, symbol)
RuntimeError: found a situation in which we try to build a type recursively.  This is known to occur e.g. in ``struct s { void(*callable)(struct s); }''.  Please report if you get this error and really need support for your case.

Что происходит? Это похоже на стандартную процедуру для rypy2, и действительно, как мы ее использовали в python 2.

Та же проблема применима для любого вида импорта rpy2: import rpy2.robjects.tests и т. Д.

Answer 1

Я столкнулся с той же проблемой и обнаружил ту же проблему, связанную @ejolly выше. Чтобы обойти это, я понизил свою библиотеку cffi с 1.13.0 до 1.12.3.

pip install cffi==1.12.3

Работал как шарм.

Answer 2

изменить: cffi 1.13.1 выпущен. Просто обновите его, и все должно работать.

---

Проблема появилась с cffi 1.13.0, но ограничена режимом ABI.

rpy2 попытается использоватьРежим API, но в случае его сбоя он автоматически вернется в режим ABI. Если ваша система может быть настроена на использование компилятора C, должен быть установлен режим API. Чтобы принудительно использовать режим API, установите переменную среды:

RPY2_CFFI_MODE=API

(см. Информационное поле в документе: https://rpy2.github.io/doc/v3.2.x/html/overview.html#install-from-source)