Документация верна. Они говорят, что presentationLayer основан на начальном состоянии слоя, но к нему применены соответствующие анимации. По мере развития анимации соответствующие значения presentationLayer изменяются в соответствии с текущим отображаемым состоянием слоя.
Например, если слой начинался с координат источника (100,0), и вы применили анимацию для перемещениядо (200,0), на полпути анимации координата начала представления презентации будет (150,0). Если бы та же анимация была применена к слою, начинающемуся с координаты (0,0), то на полпути анимации presentationLayer будет иметь начало координат (100,0).