Да, развертывание в случае Java-приложений является последним этапом после сборки и упаковки приложения. На этом уровне он был бы просто готов к развертыванию, следовательно, он готов к установке и запуску на сервере. Таким образом, в случае Tomcat он копируется в веб-папку развертывания, поэтому tomcat сможет подобрать его, распаковать (при необходимости) и запустить. Я слышал ваш вопрос, между прочим, сначала это было так странно и может отличаться от одного сервера приложений (или контейнера) к другому, но, в конце концов, процесс создания и запуска приложения или, по крайней мере, готовности к работе иработает в любое время.