Вы можете просто использовать pax:
mkdir ../foo
pax -rw -s /0.1/repl1/g -s /0.2/repl2/g . ../foo
Рекурсивно скопирует все в текущем рабочем каталоге в ../foo с переименованием, как указано в параметрах -s. Или
pax -rw -s /^dir/foo/ -s /0.1/repl1/g -s /0.2/repl2/g dir .
Чтобы скопировать все данные в dir/
в каталог с сестрой foo/