Если вы не напишите генератор CMake из файлов затмений, нет инструментов, которые бы автоматически создавали плавный переход между ними, и я не думаю, что между ними есть соотношение 1: 1.
Лучше всего было бы изучить CMake и написать файл, соответствующий вашему текущему проекту. После этого есть способы, которыми eclipse может впоследствии использовать этот файл CMake, чтобы вы не дублировали определение своего проекта.