Python включает имя пути к файлу оболочки

Question

Вот мой код в оболочке, и я включаю команду python:

for file in `ls $FOLDER`
do
    echo "$file"
    var=`python -c "from Bio import SeqIO, SeqUtils; import os; rec = SeqIO.read("**$FOLDER/$file**", 'fasta'); SeqUtils.xGC_skew(rec.seq, 220000)" `
done

И я не знаю, как заставить python распознавать мое имя файла

Answer 1

Вам нужно экранировать двойные кавычки в коде Python:

for file in `ls $FOLDER`
do
    echo "$file"
    var=`python -c "from Bio import SeqIO, SeqUtils; import os; rec = SeqIO.read(\"$FOLDER/$file\", 'fasta'); SeqUtils.xGC_skew(rec.seq, 220000)" `
done

Answer 2

Я вижу некоторые распространенные ошибки оболочки:

• Не разбирать ls. Используйте

  for file in "$FOLDER"/*; ...
  

• Используйте $(...) вместо `...` - легче читать, легче вкладывать. Ссылка
• Выйдите из привычки использовать имена переменных ALLCAPS, оставьте их как зарезервированные оболочкой. Однажды вы напишите PATH=something, а затем удивитесь, почему ваш скрипт не работает .