Я никогда не видел, чтобы это случилось. Вероятно, из-за некоторого кода, который вы добавили в свой метод paintComponent ().
Вы можете попробовать перекрасить (Rectangle), чтобы ограничить объем перерисовки.
Если вам нужна дополнительная помощь, опубликуйте SSCCE , который демонстрирует проблему.