Даже если вы получаете сторонний продукт, я думаю, он просто каким-то образом упаковывает среду выполнения .NET. Я не знаю, как еще это будет работать.
Почему бы вам просто не создать инсталлятор, который имеет .NET Framework как требование? Он должен проверить его и установить, если у пользователя его еще нет.