Нет способа заставить Git игнорировать изменения в отслеживаемых файлах. Некоторые люди скажут вам использовать флаги --assume-unchanged или --skip-worktree для git update-index, но они не работают во всех случаях, не предназначены для этой цели и не поддерживаются для этого в восходящем направлении.
Как правило, файлы конфигурации для определенных редакторов не относятся к управлению версиями, поскольку пользователи будут использовать разные конфигурации. Лучший способ справиться с этим - удалить каталог .idea из управления версиями и использовать статическую, независимую от редактора конфигурацию, такую как файлы .editorconfig. Как только вы сделаете это (например, с git rm --cached .idea), ваш gitignore будет принят, поскольку Git больше не будет отслеживать конфигурацию.