Матрицу можно умножить на маску, например:
import numpy as np
mtrx = np.arange(25).reshape(5,5)
mask = np.zeros((5,5))
mask[1:4,1:4] = 1
mask
>>>array([[0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 1., 1., 1., 0.],
[0., 1., 1., 1., 0.],
[0., 1., 1., 1., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0.]])
mtrx * mask
>>> array([[ 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 0., 6., 7., 8., 0.],
[ 0., 11., 12., 13., 0.],
[ 0., 16., 17., 18., 0.],
[ 0., 0., 0., 0., 0.]])