Я не хочу поддерживать два отдельных набора исходного кода
Необходимо, чтобы вы могли компилировать файлы Java 8 отдельно от файлов Java 9.
Подразумевается в вопросе (то, как я его прочитал), но прямо не указано, что у вас есть две копии файлов, которые не отличаются . Вам, конечно, это не нужно.
Возможно ли иметь все файлы Java-9, например, в src / main / java, и только те, которые отличаются, например, src / main / java-8?
Это не имеет никакого смысла, поскольку все файлы, которые не отличаются, должны быть файлами Java 8, а не файлами Java 9.
Сделайте обратное.