Да и нет, вы можете установить несколько агентов Parallell на один и тот же сервер и настроить их для подключения к различным организациям. Но один агент может подключаться только к одной организации.
Просто распакуйте zip-файл агента в две разные папки и настройте в каждой из них URL-адреса организации, метод аутентификации и другие параметры. Таким образом, вы получаете две агентские службы, работающие параллельно, обслуживающие две организации.