Прежде всего, я новичок в rpy2 / jupyter, поэтому, пожалуйста, не судите меня, если это неправильное место, чтобы задать мой вопрос.
Я пытаюсь настроить интегрированный рабочий процессдля анализа данных с использованием R и Python, и я сталкиваюсь со следующей ошибкой:
Я нахожусь на Ubuntu 19.04. запуск среды conda с использованием Jupyter 1.0.0, Python 3.7.4, R 3.5.1, r-irkernel 1.0.2 и rpy2 3.1.0, и я установил R-пакет Seurat через R.
Когда ясоздать блокнот Jupyter, используя ядро R, я могу отлично загрузить Seurat с library(Seurat).
Я также могу использовать R-код в python, используя rpy2 и rmagic, например:
%load_ext rpy2.ipython
%%R
data(allen, package = 'scRNAseq')
adata_allen <- as(allen, 'SingleCellExperiment')
Однако, когда я пытаюсь загрузить Seurat, используя rpy2, ядро вылетает:
%%R
library(Seurat)
И я получаю следующее сообщение:
Перезапуск ядра
Ядрокажется, умер. Он автоматически перезапустится
Jupyter выдает следующее сообщение в командной строке:
[I 16:39:01.388 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5), keep random ports
kernel 23284ec0-63d5-4b61-9ffa-b52d19851eab restarted
Обратите внимание, что другие библиотеки, такие как library(dplyr), прекрасно загружаются с помощью rpy2.
Мое полное окружение conda можно найти в прилагаемом текстовом файле .
Я просто не могу понять, в чем причина проблемы. Есть ли способ получить более подробное сообщение об ошибке от Jupyter?
Ваша помощь будет принята с благодарностью!
С уважением, Феликс