Реструктуризация репо по клонированию

Question

Можно ли реструктурировать хранилище (подмодуль) по времени клонирования, не меняя структуру в хранилище сервера? Например: предположим, теперь у меня есть следующее

Repo:MyRepo
       |
       |___SubModule: mysub

Так выглядит субмодуль на сервере

Repo:mysub 
       |
       |___Folder:A
                  |
                  |___a.txt,aa.txt

       |___Folder:B
                  |
                  |___b.txt,bb.txt

       |___Folder:C
                  |
                  |___c.txt,cc.txt

Когда я клонирую этот репо как субмодуль, мне нужно его включитьмой локальный компьютер как

Repo:mysub 
       |
       |___Folder:D
                  |
                  |___a.txt,aa.txt,b.txt,bb.txt

       |___Folder:E
                  |
                  |___c.txt,cc.txt

, т. е. чтобы реструктурировать его таким образом, чтобы каждый файл соответствовал своему эквиваленту, не теряя историю, просто изменив пути.