Вы можете установить SourceVersion с помощью по умолчанию node.childDefaultChild. Это ссылка на шаблон CloudFormation или CfnProject. Например, для ссылки на мастер-ветку:
const projectCnf = project.node.defaultChild as CfnProject;
projectCnf.sourceVersion = 'refs/heads/master';
Подробнее здесь: https://docs.aws.amazon.com/cdk/latest/guide/cfn_layer.html