То, что вы видите, это не "две основные ветви", это "master" ваша локальная основная ветка и "origin / master", которая является локальным представлением главной ветви на пульте "origin". Это просто из-за вашего непонятного названия.
И Д. Бен Нобл прав, вы должны были использовать git pull --rebase, чтобы избежать автоматического слияния при использовании pull. Из руководства по git:
git pull - это сокращение от git fetch с последующим git merge FETCH_HEAD.
Вы всегда должны использовать:
git fetch origin
ПередВы тянете, чтобы увидеть, что произойдет, и выполните:
git pull --rebase
В случае расхождения.