Исходя из вопроса, выглядит так, как будто есть две программы "python_rule1" и "python_rule2", производящие односимвольный вывод (A или B).
Желаемый вывод - поместить два ответа вта же строка на stdout, разделенная запятой, вместо отправки двух строк на stdout. Это может быть достигнуто путем сохранения результата каждого шага в переменной оболочки (R1, R2 в примере), а затем форматирование вывода в stdout
R1=$(python python_rule1)
R2=$(python python_rule2)
echo "$R1, R2" >> raw-data.txt