Как вручную изменить цвет аннотации столбца с помощью ComplexHeatmap - PullRequest
Новая
       13

Как вручную изменить цвет аннотации столбца с помощью ComplexHeatmap

1 голос
/ 03 октября 2019

У меня есть следующий код, который использует пакет ComplexHeatmap ( doc ) для создания карты тепла: 

library(ComplexHeatmap)

nof_elem <- 4

set.seed(123)
mat <- matrix(rnorm(nof_elem * nof_elem), nof_elem)
rownames(mat) <- paste0("R", 1:nof_elem)
colnames(mat) <- paste0("C", 1:nof_elem)
mat



column_ha <- HeatmapAnnotation(cluster = anno_block(
  gp = gpar(fill = 2:15),
  labels = c("group1", "group2", "group3"),
  labels_gp = gpar(col = "white", fontsize = 10),

  # Tried this but didn't work
  # col = list(cluster = c("group1" = "red", "group2" = "blue", "group3" = "black"))
))

Heatmap(mat,
  cluster_columns = FALSE,
  cluster_rows = FALSE,
  top_annotation = column_ha,
  column_split = c(1, 2, 2, 3),
  show_column_names = FALSE
)

Создает следующий рисунок:

enter image description here

Как показано на рисунке выше. На самом деле мне нужно выполнить две задачи:

  1. Как вручную изменить цвет группового блока? (группа1 = красный; группа2 = синий, группа3 = черный)
  2. Как убрать число в самом верху?
...