Как вы применяете патч, но исключаете 2 файла? Для 1 файла или шаблона файла вы можете сделать флаг --exclude. Но что, если у меня есть 2 разных файла a.rb и b.rb, мне нужно исключить, но у меня есть c.rb, d.rb, e.rb также в патче, который необходимо применить.